Lorsque la Ligue des Justiciers disparaît et que les méchants envahissent Metropolis, il n'y a qu'une seule équipe pour résoudre ce mystère : Scooby-Doo et sa bande ! Mais attendez, il y a un nouveau chien en ville - Krypto - le super-chien de Superman doté de super-pouvoirs. Mystery Inc. aura besoin de toute l'aide possible lorsque des fantômes menaceront le quartier général de la Ligue des Justiciers.